DNA聚合酶的保真度检测方法你了解吗?
DNA聚合酶的保真度检测方法你了解吗?
文章引用来自yeasen.com
DNA聚合酶的选择是聚合酶链反应(PCR)中的重要决策之一,相较于准确度需求较低的菌落PCR等分析实验,蛋白表达、突变检测、基因筛选等准确度要求较高的实验,则需要选择高保真DNA聚合酶,以保证扩增过程中的保真度。 什么是DNA聚合酶的保真度 错配率是高保真DNA聚合酶保真性的一个通用标准,错配率越低保真性越好。保真度常用错配率的倒数表示(保真度=1/错配率)。 如何测定DNA聚合酶的保真度 常见的DNA聚合酶测定方法有蓝白斑筛选测定、一代测序和NGS测序等。 ◎ 蓝白斑筛选测定 原理:利用DNA聚合酶扩增lacZ基因,基于lacZ基因的α-互补性,它能还原β-半乳糖苷酶基因活性,并产生蓝色菌落,结合蓝白斑筛选评估保真度。 操作步骤:用DNA聚合酶扩增lacZ基因,将PCR产物连接到载体上,转化,蓝白斑筛选。若lacZ基因存在错误,则破坏β-半乳糖苷酶活性,菌落呈现白色,白斑克隆的比例可转化为错误掺入的数量。 操作步骤:根据DNA模板设计PCR扩增引物;利用DNA聚合酶进行PCR扩增;将PCR产物克隆至载体上,挑取单菌落进行大规模Sanger测序,计算发生错配的核苷酸数与聚合的总核苷酸数的比值(错配率)。 ◎ NGS测序 操作步骤:根据DNA模板设计PCR扩增引物;利用DNA聚合酶进行PCR扩增;将PCR产物利用NGS平台对DNA分子进行双向测定,筛选正反两个方向均有效的数据,在突变的判定过程中,正反两个方向均测定出突变的位置记为一次突变,此突变属于DNA聚合酶引入的突变;如测定只有一个方向测定出现突变,另一个方向测定无突变,则该突变为测序平台引入的突变,不属于DNA聚合酶扩增引入的突变,计算DNA聚合酶扩增过程中引入的突变/有效DNA测序量(保真度)[1]。 提示:在PCR扩增中,不同的序列引入突变的概率是有差异的,一般研究人员选择为多个扩增产物进行测序比较,扩增的目的基因序列在设置在容易导入基因突变的富含GC 序列区域以及重复等区域。 高保真酶检测方法有很多,不同品牌的高保真酶的测定方法不同,一般保真性测定会是相对于Taq DNA聚合酶比较,来判断DNA聚合酶的保真性。
DNA聚合酶的保真度指的是其进行准确扩增模板的能力,确保DNA序列的高度准确扩增。高保真酶具有3'到5'核酸外切酶的活性,可对聚合反应时错配的碱基进行切除,从而保证扩增的准确性。图1. 高保真酶作用原理图(源于网络)